拿着外资机构的高薪与爱国之间是否相悖，这也是胡祖六长期面临的敏感话题之一。胡任职央行副行长消息传出后，即在网上遭到了大量网友的激烈反对，态度激昂情绪激动，其中不乏“中国丧失主权”之类的言论，香港媒体干脆直接报道称，胡祖六转任央行副行长不成，完全是出于舆论压力。
对“买办”、“卖国”等舆论指责，胡祖六一再对外界媒体辩解：“我是身在曹营心在汉”，“我在国外投资者面前，更多讲中国的前景，而在国内，更多讲问题，讲差距。”
胡祖六自认为是一个“民族主义者”。1997年刚刚到任高盛，胡祖六就经历凶猛的亚洲金融危机，东南亚国家货币体系一泻千里，一些国家经济更是倒退十年。中国当时内生经济状况也不容乐观，中国怎么办？会不会卷入金融危机？人民币会不会贬值？国际上一片悲观声调。此时胡祖六放胆断言：人民币不会贬值！
自此，胡祖六为高盛，为自己在国际资本市场上，尤其是在中国国内赢得了话语权。
1999年4月，朱基率领中国代表团到美国，就入世与美国方面谈判，双方本来已经达成一致意见，最后签字时，克林顿总统产生了动摇，没有签字。胡祖六闻知后，立刻在美国《华尔街日报》发表文章，猛烈批评了美国政府。文章开头就写到，200多年前，英国公使向清朝乾隆皇帝提出了通商要求，遭到清政府的拒绝，清朝由此失去了一次重大机遇，而今天历史倒过来了。
这篇文章在美国引起震动，也进一步加重了胡祖六在中国政府高层心目中的分量。此后，作为华尔街最早进入中国的投行，高盛在电信、能源、金融等战略性行业的重组、海外上市中扮演着重要角色。中银香港的改革上市、中国银行的整体改革、交通银行重组和引资上市等重大项目中都有胡祖六的身影。美国前财长保尔森任高盛首席执行官期间，胡祖六曾是保尔森在中国的关键人物。
2004年高盛将汇丰银行引入交通银行作为战略投资者，为交通银行之后的H股上市铺平道路，也为建行、中行之后的海外上市成功地打了头阵。在转为中国投行业务联席负责人之后，2006年高盛以37.8亿美元入股工商银行。
在离开高盛之前，胡祖六参与的最后一个大型项目是中国平安换股吸收合并深发展，高盛担任中国平安的财务顾问。这一案子牵涉到外资、混业经营等等当下最敏感的问题，是目前为止中国境内最大的并购案。
但大型国有企业海外上市，一来战略投资者入股的价格与之后二级市场价格之间存在着巨大差距；二来一些大型国企海外上市之后多年没有在国内挂牌，导致国内投资者与巨额分红无缘，使得“宁与洋人、不予家奴”，“银行贱卖论”等言论一度甚嚣尘上。尽管2007年中央经济工作会议特别定调，大型国有商业银行引入战略投资者并非贱卖，而是利国利民的好事，大众的极端情绪仍然难以消除。
2001年夏天起，中国股市一路暴跌。饱受下跌之苦的投资者一片愤怒。此时，胡祖六在香港说，中国内地股市市盈率在20、30倍比较合理，1000多家上市公司只有12家值得投资。
