（一）预算管理的思想观念有偏差
1、为预算而预算。博科资讯全面预算管理顾问中心发现，中小企业往往比其他企业更能认识到预算管理在其企业管理中的有效作用，并把是否实施预算管理作为衡量企业管理水平高低的一个标准，但对预算到底应是什么样子，如何安排和实施预算，尚缺乏深刻的理解。不少中小企业为了在管理水平认定方面能得到有关部门和单位的认同，纷纷实施预算管理，并制定了一系列有关预算管理的制度性文件。
2、认为编制预算属纯财务行为。预算是在财务收支预算基础上的延伸和发展，以至于很多人都认为预算是财务行为，应由财务部门负责预算的制定和控制，甚至把预算理解为是财务部门控制资金支出的计划和措施。随着管理计划性加强，预算逐渐受到管理层的重视。尽管各种预算最终可以表现为财务预算，但预算的基础是各种业务、投资、资金、人力资源、科研开发以及管理，这些内容并非财务部门所能确定和左右。
（二）预算依据不充分
1、预算缺乏中小企业发展战略的明确指导。没有发展战略环境下的预算管理，往往出现短期活动，忽视长期目标，使短期的预算指标与长期的中小企业发展战略不相适应，各期编制的预算衔接性差，预算管理常常处于本末倒置的状态，各年度、季度和月份预算的推行无助于中小企业长期发展目标的实现，并且企业预算编制出发点也不尽相同，这样的预算管理难以取得预期的效果。
2、预算往往经不起市场的检验。博科资讯全面预算管理顾问中心在调研中发现，由于预算管理中存在封闭心态，预算管理过程往往忽视对市场的调研与预测，使很多预算指标与中小企业的外部环境不相容，整个预算指标体系难以被市场接受，经不起市场检验的预算制度很难有效地在中小企业中实施。而且，预算指标缺乏弹性，缺乏对市场的应变能力，这也使中小企业的预算工作难以推行。
3、预算与中小企业的实践活动相脱节，编制的预算缺乏必要的客观性。很多中小企业以历史指标值和过去的活动为基础，确定未来的预算指标值，没有认真地对中小企业的未来活动作评估。如果中小企业及其各部门的活动变化不大，这种制定预算的方法尚可接受，在中小企业及其各部门的活动变化较大或扩张速度较快时，用上面的办法制定预算，会使预算指标缺乏客观性。缺乏客观性的预算指标值难以成为考核和评价员工的有效基准，这样的预算管理制度肯定效果不佳。
4、执行预算缺乏有效的考核与激励措施。考核和奖惩措施落实不到位己经成了影响中小企业预算目标无法很好实现的重要原因。在预算管理过程中，以预算标准考核责任单位和责任人，并以考核结果对他们执行奖惩时，被考核方过多地强调客观因素对活动绩效的影响，故意回避主观方面的原因，考核方则常常参杂太重的个人情感去评价被考核方，使考核过程在“有色眼镜”下进行；或者考核后没有配套的奖惩措施，缺乏应有的激励机制，使考核工作流于形式。预算指标约束作用的丧失，可能使整个预算工作名存实亡。
（三）预算编制方法过于模式化
博科资讯全面预算管理顾问中心认为，预算编制是中小企业实施预算管理的起点，也是预算管理的关键环节。采用什么方法编制预算，对预算目标的实现有着至关重要的影响，从而直接影响到预算管理的效果。
