(1)对预算管理的认识错位，预算形同虚设。许多企业因为对预算管理的重要性认识不够，往往容易导致预算编制工作过于形式化。具体表现在：第一，预算的编制缺少对市场的调研与预测，或者企业的预算本身就是流于形式，为预算而预算，使得很多预算指标与企业的外部环境不相容，与市场的真实情况相背离，不能被市场所接受。第二，有些企业没有认真地对企业的未来活动做出科学的评估和判断，仅是以历史指标值和过去的企业活动数据作为基础，把上一年度的生产、销售、财务数据略加改动，就照搬到预算表中。用这种办法制定预算，会使企业的预算指标缺乏客观性，不可能成为考核和评价员工的有效基准。第三，虽然有些企业编制了相对合理的预算，但是由于缺乏必要的监控机制，平时的企业活动不能严格按照预算来执行，费用随便使用，使预算形同虚设。
(2)全面预算与财务预算混淆。全面预算是一个广义的过程，它包括：业务预算、投资预算、薪酬预算、利润预算及管理费用预算等，是一种综合性预算。但由于各种预算最终都可能表现为财务预算，使得财务预算在全面预算体系中占有举足轻重的地位，所以很多企业便把全面预算等同于财务预算，导致很多企业把全面预算管理的责任全部由财务部门来承担，这不仅加大了财务人员的工作量，而且由于缺乏各级各部门的相互协调、配合，使得财务人员编制出来的预算与企业的实际情况严重不符，编制出来的预算结果难以执行。
(3)缺乏必要的预算考核机制。预算考评在全面预算管理中占有非常重要的地位，通过对责任预算执行结果的考评，可依考核的结果对员工进行奖惩和为下一个预算期的预算提供依据。然而很多企业并没有对预算考核机制加以重视，当企业以预算执行结果考核员工，并用考核的结果对他们进行奖惩时，被考核方却经常把对预算执行活动绩效的影响过分放大于客观因素，而过分缩小主观因素的原因。而企业对绩效考核后也没有相应的奖惩措施，缺乏应有的制裁和激励机制，使企业预算执行的考核工作形式化，反而会降低员工的工作积极性。
(4)预算的编制不够科学。预算的编制不够科学主要体现在：第一，预算编制的内容不够全面。很多企业仅仅对管理费用、销售进行预算编制，而忽视了资产负债、现金流量、投资收益等，没有体现全面预算管理中“全面”二字，从而难以发挥全面预算管理应用的效果。第二，预算编制的方法不够科学。随着预算管理水平的提高，其编制方法也在不断发展，形成了固定预算、弹性预算、滚动预算、零基预算和概率预算等方法。其中固定预算编制简单但适应性差，零基预算、滚动预算、弹性预算科学但编制难度大、工作大。这导致很多企业出于工作量的考虑，仅仅单纯采用固定预算的方法，工作流程落后，预算执行者往往抱怨“计划赶不上变化”，使得全面预算管理无法得到有效的执行，其目标的实现也大打折扣。第三，预算指标的制定不够科学。很多企业预算的编制都是采用“自上而下”的方式，本来出发点是想提高员工的积极性，但是企业在制定预算指标时往往也采用“自上而下”的“一刀切”的方式，这显然是不够科学、合理的，这样反而会使责任单位和个人的积极性和主动性受到影响。
(5)全面预算与企业战略制定脱节。目前，虽然在我国企业全面预算管理和战略管理都很受重视，但预算和企业总体发展战略脱节的问题还是比较严重的。
